Некий Слоу нанимает опытного киллера по кличке Томас для ликвидации группы сталкеров на территории ЧЗО. Однако за простым, как казалось бы, заказным убийством, скрывается нечто большее, что заставляет Томаса нарушить свои правила, и вместо выполнения контракта начать вести свою игру, распутывая клубок событий, начавшихся ещё 20 лет назад.
В этом эпизоде S.T.A.L.K.E.R. The Exception игрок выполняет заказное убийство группы сталкеров на территории ЧЗЗ, но обнаруживает, что за заданием скрывается сложная история, связанная с событиями 20 лет назад. Вместо выполнения контракта герой начинает расследование, раскрывая тайны прошлого. В процессе игрок исследует окрестности Припяти, использует снайперскую винтовку, сталкивается с патрулями Монолита, находит уникальные артефакты (включая редкий Полтергейст) и сталкивается с неожиданными аномалиями и локациями, такими как аэродром и спорткомплекс. Особое внимание уделено тактике скрытного убийства, управлению весом снаряжения и поиску ценных предметов в условиях ЧЗЗ.
