Высококачественное секвенирование пангеномов растений и редких заболеваний | PAG 33

Узнайте, как секвенирование длинных прочтений HiFi позволяет получать эталонные пангеномы различных видов растений и повышает эффективность диагностики редких заболеваний человека. Джереми Шмутц поделится результатами исследований JGI и HudsonAlpha на конференции PAG 33, включая пангеном сорго, состоящий из 30 геномов, хромосомы голосеменных растений, в 63 раза превышающие по размеру тополь, и первый взгляд на производительность химии SPRQ-Nx для сборки генома. Он также продемонстрирует, как полногеномное секвенирование Kinnex 16S позволяет различать виды микроорганизмов, которые не могут быть различены с помощью коротких ампликонов V4. Что вы узнаете Создание гаплотипически разрешенных пангеномов для сложных полиплоидных культур, таких как сахарный тростник и сорго Применение HiFi-секвенирования для выявления структурных вариантов, пропущенных при экзомном секвенировании в случаях редких заболеваний Использование конвейера аннотации panJGC для уменьшения артефактов пролиферации генов среди членов пангенома Определение состава микробного сообщества с помощью полноразмерной 16S-РНК с использованием Kinnex Оценка выхода, точности и производительности многоцелевых ячеек SMRT при использовании химии SPRQ-Nx Приглашенный докладчик Джереми Шмутц, научный сотрудник (Институт биотехнологии HudsonAlpha / JGI) Разделы 00:00 Введение 00:58 Оглядываясь назад: PacBio в 2010 году 02:00 Почему HiFi изменил геномику растений и человека 02:54 Геном сахарного тростника R570 03:28 Что мы делаем с PacBio 03:55 Открытие редких заболеваний с помощью HiFi 04:55 Обзор пангеномов растений 06:01 Биосинтетический кластер сорго дхуррин 06:57 От одного генома к пангеному 07:34 Разнообразие дикого сорго в Австралии 08:19 Проблемы аннотации пангеномов 10:54 Тандемные дупликации Eucalyptus grandis 11:32 Грязные, коварные микробы: корневой микробиом 13:56 Полноразмерный 16S с Kinnex 14:33 Химия SPRQ-Nx: новая химия? 15:49 Выход и точность пар оснований 17:51 Потеря выхода и перенос между запусками 19:22 Производительность определения SNP и SV 19:53 Создание контиговых сборок 21:33 Текущие мнения о SPRQ-Nx 22:00 Недостатки и соображения 22:48 Программа научных исследований сообщества JGI 23:17 Ресурсы Phytozome и HudsonAlpha 23:59 Благодарности Ресурсы HiFi-секвенирование для геномики растений: https://www.pacb.com/research-focus/plant-and-animal-sciences/ Портал сравнительной геномики Phytozome: https://phytozome-next.jgi.doe.gov/ Наборы для полноразмерной РНК Kinnex: https://www.pacb.com/products-and-services/consumables/kinnex-kits/ Обзор системы Revio: https://www.pacb.com/revio/ Какие виды растений больше всего выиграют от пангеномного подхода в ваших исследованиях? Оставьте комментарий ниже. Подпишитесь на канал PacBio, чтобы получать больше контента по геномике: https://www.youtube.com/@PacificBiosciences?sub_confirmation=1 Узнайте больше о PacBio на https://pacb.com/ Юридическая информация и товарные знаки: https://www.pacb.com/legal-and-trademarks/ #ГеномикаРастений #ПанГеном #HiFiСеквенирование