Жизненный цикл Кукушкина льна включает чередование поколений: мужские и женские гаметофиты с антеридиями и архегониями, оплодотворение при наличии воды, образование коробочки с колпачком (напоминающего сидящую кукушку) и расселение спор. Из спор развиваются новые гаметофиты, замыкая цикл.
