Записи регистра удалены при обновлении конфигурации

Такое происходит при изменении структуры регистра в новой версии конфигурации. Т. е. если поменялись состав измерений, ресурсов или реквизитов либо вообще пересоздали регистр. Тогда платформа при обновлении может удалить старые записи, которые не соответствуют новой структуре.